La 78-79 supuso el estreno en Segunda B. Hasta la última jornada de liga estuvo el equipo luchando por la permanencia, y ésta se tuvo que lograr con un empate ante el Ibiza. Sin embargo, el equipo entrenado por Juan Sabas en primer lugar y posteriormente por Pablo Alfaro, falló en la primera fase de la liga para clasificarse para la fase de ascenso a Segunda División, terminando en 5ª posición a 3 puntos de la zona de ascenso.
